La Universidad de San Pedro Sula está constituida por facultades, escuelas, carreras, direcciones especializadas y departamentos, pero sobre estas, están los órganos de dirección en el siguiente orden jerárquico:
Consejo de Administración de Promotora Educativa S.A de C.V.
Máximo órgano de la Universidad de San Pedro Sula en materia administrativa, económica y financiera.
Consejo Académico.
Máximo órgano de la Universidad de San Pedro Sula en materia académica y sus funciones docentes, investigación y extensión.
Seguidamente se encuentra, también en orden jerárquico, las unidades que estructuran la Universidad de San Pedro Sula:
Rectoría
Es la unidad ejecutiva superior de USAP y está integrado por el rector y los vicerrectores, quienes son nombrados por el Consejo de Administración de Promotora Educativa S.A. de C.V.
En la estructura de una universidad, la rectoría es la oficina central de la gestión. El rector es el líder máximo de la institución y es quien debe tomar las decisiones estratégicas.
Vicerrectoría
En el caso de USAP se dividen en dos: la vicerrectoría académica que se encarga de administrar las actividades docentes, de investigación, de extensión y de vinculación en todos los niveles del proceso educativo.
En tanto la vicerrectoría administrativa se encarga de la estructura técnica especializada que incluye las áreas contables, financieras y demás recursos administrativos de la universidad.
Secretaría general
Su labor es registrar las actividades de la universidad en su accionar y además de la gestión de actividades del departamento de registro.
Decanatos
Son las unidades que administran las facultades en cuanto a su proceso administrativo y académico. El decano es el líder de la facultad y es responsable de la calidad de la educación, la planificación de programas académicos y la gestión de recursos en su área.
Direcciones
Son unidades funcionales especializadas, es decir, son unidades técnicas que se centran en tareas clave para que la comunidad universitaria pueda fluir. Cada una de ellas tiene un director responsable de liderar y coordinar sus actividades.
Departamentos
Constituyen unidades técnicas que pueden ser académicas o administrativas según las funciones que realicen, y están integradas por personal con la formación y especialización que el área demande. Están adscritos a las direcciones.
En conclusión, la Universidad de San Pedro Sula tiene una especie de gobierno que genera un equilibrio de poderes y responsabilidades para funcionar de manera efectiva.
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